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一，員工直接持股方式做股權(quán)激勵的稅負
員工直接持股轉(zhuǎn)讓的所得稅
對個人轉(zhuǎn)讓股權(quán)時取得的所得，按照“財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”，適用20%的比例稅率征收個人所得稅。個人轉(zhuǎn)讓股權(quán)，以股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入減除股權(quán)原值和合理費用后的余額為應(yīng)納稅所得額，按“財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得”繳納個人所得稅。合理費用是指股權(quán)轉(zhuǎn)讓時按照規(guī)定支付的有關(guān)稅費。
應(yīng)納稅所得額=股轉(zhuǎn)讓收入-(股權(quán)原值+合理稅費)。
拿不出股權(quán)的原值憑證的，對不起了，一律按轉(zhuǎn)讓收入的15%核定原值及合理稅費。員工直接持股時，股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得稅為轉(zhuǎn)讓所得的20%，還可以有抵扣。如按核定征收，稅率為股權(quán)轉(zhuǎn)讓收入的20%*(1-15%)，即17%。不存在抵扣。你會很慘。
員工直接持股獲得的股息紅利所得稅
根據(jù)《個人所得稅法》第三條第五款，利息、股息、紅利所得稅率為20%

二，員工通過公司持股方式做股權(quán)激勵的稅負
股份轉(zhuǎn)讓所得稅
持股平臺公司轉(zhuǎn)讓股份時，需要按25%的稅率繳納企業(yè)所得稅，平臺公司再向自然人股東分紅時，又要扒一層皮，自然人股東按20%的稅率繳納個人所得稅。
扒了二層皮后的實際稅率為1-(1-25%)(1-20%)=40%。公司賺100元，就要給國家40元，稅負太高了。
股息紅利所得稅
居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益，是指居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益。一般不收稅。也就是企業(yè)給企業(yè)的分紅，不需要繳稅。
因此，員工持股平臺公司從標的公司取得分紅時不需要繳納企業(yè)所得稅。員工持股平臺公司分紅時，自然人股東需要繳納20%的個人所得稅就行了。公司分紅賺100元，交給國家20元。稅負還可以。

三，員工通過有限合伙企業(yè)持股方式進行股權(quán)激勵的稅負
自然人作為有限合伙人的股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得稅。
個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產(chǎn)經(jīng)營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產(chǎn)經(jīng)營所得”應(yīng)稅項目，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
有限合伙企業(yè)作為持股平臺，轉(zhuǎn)讓股權(quán)，合伙企業(yè)層面不交所得稅，但是有限合伙人個人層面需要交所得稅。合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)時，自然人合伙人按5%至35%的累進稅率征收個人所得稅。
自然人作為有限合伙人的股息紅利所得稅
個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入企業(yè)的收入，而應(yīng)單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應(yīng)稅項目計算繳納個人所得稅。
以合伙企業(yè)名義對外投資分回利息或者股息、紅利的，應(yīng)按《通知》所附規(guī)定的第五條精神確定各個投資者的利息、股息、紅利所得，分別按“利息、股息、紅利所得”應(yīng)稅項目計算繳納個人所得稅。
通知第五條規(guī)定，個人獨資企業(yè)的投資者以全部生產(chǎn)經(jīng)營所得為應(yīng)納稅所得額；合伙企業(yè)的投資者按照合伙企業(yè)的全部生產(chǎn)經(jīng)營所得和合伙協(xié)議約定的分配比例確定應(yīng)納稅所得額，合伙協(xié)議沒有約定分配比例的，以全部生產(chǎn)經(jīng)營所得和合伙人數(shù)量平均計算每個投資者的應(yīng)納稅所得額。
前款所稱生產(chǎn)經(jīng)營所得，包括企業(yè)分配給投資者個人的所得和企業(yè)當年留存的所得(利潤)。
上面的意思就是說，合伙企業(yè)對外投資分回的利息或者股息、紅利，不并入合伙企業(yè)的收入，不適用5%-35%稅率，而應(yīng)單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”應(yīng)稅項目計算繳納個人所得稅。而根據(jù)《個人所得稅法》第三條第五款，利息、股息、紅利所得稅率為20%。
因此，自然人通過有限合伙企業(yè)持股時，從公司取得的股息紅利的個人所得稅稅率為20%。

四，股權(quán)激勵的三種持股方式比較
1、員工直接持股：股權(quán)轉(zhuǎn)讓稅率為20%，可以抵扣，按核定征收20%*(1-15%)，實際稅率為17%。不存在抵扣。股權(quán)分紅所得稅為20%，
2、員工通過公司間接持股：稅負最高：股權(quán)轉(zhuǎn)讓稅負40%，股權(quán)分紅稅負20%，
3、員工通過合伙企業(yè)間接持股，股權(quán)轉(zhuǎn)讓稅負為5%-35%五級超額累進稅率，股權(quán)分工收入為20%。

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