（1）股東的身份不被認可。由于股份代持協議實際出資人的姓名并不記載于工商登記資料上，那么在法律上股份代持協議實際出資人的股東地位是不被認可的，股東的表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等一系列的權利都需要由代持股人行使，必然導致風險的存在。同時代持股人轉讓股份、質押股份的行為，股份代持協議實際出資人都很難控制。
（2）代持股人惡意損害實際股東的利益。包括代持股人濫用經營管理權、表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等權利給股份代持協議實際出資人造成的財產損失。
（3）由于代持股人自身原因導致訴訟而被法院凍結保全或者執行名下的代持股權。當代持股人出現其他不能償還的債務時，法院和其他有權機關可以依法查封上述股權，并將代持股權用于償還代持股人的債務。股份代持協議實際出資人如果未能及時阻止，只有依據股份代持協議向代持股人主張賠償責任。
（4）代持股人意外死亡引發繼承或離婚糾紛等。如果代持股人意外死亡，則其名下的股權作為財產將有可能涉及繼承或離婚分割的法律糾紛。股份代持協議實際出資人不得不卷入相關糾紛案件中，才能維護自己的財產權。