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與股權回購相關的稅收政策較為復雜，目前，并沒有一套較為完整的股權回購稅務處理政策，而是散布在各個稅種中。
公司回購股份，對于股份出售方來說，與一般的股份出售稅務處理是完全相同的，可能涉及增值稅、企業所得稅或個人所得稅，現行稅收政策均有相應的處理規定。具體來說，如果涉及上市公司股票，根據《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，按照“金融商品轉讓”項目繳納增值稅；根據股份出售方是法人企業及個人的不同情況，分別按照財產轉讓所得繳納企業所得稅或者個人所得稅。
對回購方來說，主要涉及企業所得稅的稅務處理。如果股東回購股份、并予以注銷，可以適用《國家稅務總局關于企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）。此時，對于企業股東而言，屬于撤回或減少投資，企業股東應確定投資收回、股息所得和股權轉讓所得。其中，股息所得，可根據企業所得稅法及其實施條例相關條款判定是否屬于免稅收入。
如果上市公司回購股份后并不注銷，而是選擇繼續持有，則涉及所回購股份的企業所得稅計稅基礎的確認問題，根據《企業所得稅法實施條例》第七十一條規定，一般應按回購價格確認。
在上市公司將來出售股份時，會涉及增值稅、印花稅及企業所得稅的稅務處理。例如，A公司在股價每股10元時回購本公司股份1億股，回購金額10億元。待股價恢復到每股15元時再出售，A公司回籠資金15億元（不考慮交易稅費）。則A公司就其增值部分5億元需要按照“金融商品轉讓”繳納增值稅，并就獲利部分并入當年度應納稅所得額計算、繳納企業所得稅。
如果上市公司回購股份后用于員工持股計劃或者股權激勵，主要涉及企業所得稅和個人所得稅的稅務處理。企業所得稅方面，上市公司需要依據《關于我國居民企業實行股權激勵計劃有關企業所得稅處理問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第18號）的相關規定，將股權激勵作為上市公司的工資、薪金支出在企業所得稅前扣除。個人所得稅方面，上市公司需要依據《國家稅務總局關于股權激勵有關個人所得稅問題的通知》（國稅函〔2009〕461號）和《財政部、國家稅務總局關于完善股權激勵和技術入股有關所得稅政策的通知》（財稅〔2016〕101號）的相關規定按照“工資、薪金所得”項目代扣代繳個人所得稅。
因與其他公司合并而回購股份的，還會涉及企業重組相關企業所得稅處理問題，需要依據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）的相關規定，選用企業所得稅一般性稅務處理或特殊性稅務處理。