一、兩者的認(rèn)定機構(gòu)不一樣。
中國馳名商標(biāo)的行政認(rèn)定統(tǒng)一由國家工商總局商標(biāo)局或商標(biāo)評審委員會來認(rèn)定。而中國馳名商標(biāo)的司法認(rèn)定是由審理案件的法院來認(rèn)定，也就是說，商標(biāo)民事糾紛的第一審案件，由中級以上人民法院管轄，對爭議商標(biāo)案件有管轄權(quán)的法院都可以認(rèn)定。
二、兩者認(rèn)定后的救濟(jì)途徑不一樣。
對于只是針對馳名商標(biāo)的行政認(rèn)定結(jié)果是否可以請求復(fù)審或提起行政訴訟，沒有明確的規(guī)定。如果對工商部門作出的有關(guān)商標(biāo)的具體行政行為(如行政處罰決定等)或商標(biāo)評審委員會的決定或裁定不服的話，則可以提行政訴訟。
對馳名商標(biāo)的司法認(rèn)定來說，如果不服一審法院就馳名商標(biāo)認(rèn)定的結(jié)果，當(dāng)事人可以向上一級法院提出上訴而在二審中對爭議商標(biāo)是否馳名的這一事實進(jìn)行重新認(rèn)定。若對二審的認(rèn)定結(jié)果還不服，理論上還可以通過審判監(jiān)督程序要求重新認(rèn)定。
三、兩者認(rèn)定后的影響力差別巨大。
通過行政途徑認(rèn)定的中國馳名商標(biāo)，是經(jīng)過國家工商總局商標(biāo)局或商標(biāo)評審委員會認(rèn)定的，因而在全國工商行政系統(tǒng)都具有很強的權(quán)威性，全國各級工商行政部門都會按有關(guān)馳名商標(biāo)的特殊保護(hù)要求來加強保護(hù)。
通過法院個案而認(rèn)定的馳名商標(biāo)，由于只是由審理該案的某個具體法院(中級或高級法院)進(jìn)行認(rèn)定的，相比之下，該認(rèn)定在法院系統(tǒng)或認(rèn)定法院當(dāng)?shù)氐墓ど滩块T會具有較高的權(quán)威性，但在全國其他各地的工商行政部門的實際效力還不太確定。
四、兩者對曾被認(rèn)定為馳名商標(biāo)的再審查或認(rèn)定問題的規(guī)定不太一樣。
就法院來說，人民法院將依照商標(biāo)法第十四條的規(guī)定重新進(jìn)行審查。
對于工商部門來說，對于曾被認(rèn)定為馳名商標(biāo)的，如果所受理的案件與已被作為馳名商標(biāo)予以保護(hù)的案件的保護(hù)范圍基本相同，且對方當(dāng)事人對該商標(biāo)馳名無異議，或者雖有異議，但不能提供該商標(biāo)不馳名的證據(jù)材料的，受理案件的工商行政管理部門可以依據(jù)該保護(hù)記錄的結(jié)論，對案件作出裁定或者處理。
如果所受理的案件與已被作為馳名商標(biāo)予以保護(hù)的案件的保護(hù)范圍不同，或者對方當(dāng)事人對該商標(biāo)馳名有異議，且提供該商標(biāo)不馳名的證據(jù)材料的，應(yīng)當(dāng)由商標(biāo)局或者商標(biāo)評審委員會對該馳名商標(biāo)材料重新進(jìn)行審查并作出認(rèn)定。
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