1、申請官方費用不同，公司名義：800.00，個人名義：1000.00.（一般代理機構會收取代理費800.00）
2、申請資料不同，公司提供營業執照、商標圖樣（最好電子版）、蓋公章的申請書和委托書（商標代理機構可提供樣本，直接去商標局辦理的不需要委托書）；個人名義的需提供身份證、個體工商營業執照或相關主管機構出具的證明你在從事項目的政府文件、商標圖樣、蓋公章的申請書和委托書（商標代理機構可提供樣本，直接去商標局辦理的不需要委托書）。
3、申報方式不同,公司名義是通過網上申報，個人名義是通過郵寄。（指商標代理機構）。
4、申報范圍不同，以公司名義申報商標所指定的商品或服務不受經營范圍限制，而以個人名義的只能在個體工商戶執照經營范圍內或從事項目上指定申報。
5、如地方政策有差異，在申報各項商標榮譽時會有不同。 至于第二個問題我不明白你指的個體注冊，是以個人名義呢，還是以個體工商戶名義，不過都不影響對后面問題的解答。
如果你的商標不是著名商標或馳名商標（地域保護范圍不同），別人是可以用你的商標作為公司名稱的，至于有沒有影響要看經營范圍有沒有沖突，地域有沒有沖突。
如是同一服務或商品，他以公司全稱出現的，是沒辦法告其侵權的，如在宣傳中或產品上出現簡稱或就作為商標使用，那我們可以告其侵權，以維護我們自身的權利。當然你只要在大陸范圍內，在你注冊指定的商品或服務內可以大膽自由的使用。