但該文件也明確表示，這些限制不會影響牛津納米孔對csgg的使用。csgg是相關訴訟開始后不就，牛津納米孔發布的另一種新孔，基于全新的序列，其研發工作是否依靠illumina公司的專利技術依然是謎。
納米孔測序比傳統測序更便攜和實惠，主要根據單核苷酸通過孔隙產生的電流變化檢測dna序列。2014年，牛津納米孔推出了第一款商業化的納米孔測序儀——minion。而今年年初，illumina公司在一份聲明中稱牛津納米孔的minion和promethion設備侵犯了自己的專利。
illumina公司起訴牛津納米孔使用細菌驅動孔隙——恥垢分枝桿菌孔蛋白a（mspa）侵犯了其msp納米孔和相關方法專利，稱其產品與mspa至少有68%的相似點。
據悉，2010年，美國華盛頓大學的jensgundlach首次證明mspa可用于dna測序，并與阿拉巴馬大學微生物學家michaelniederweis合作證明mspa孔隙結合“棘輪系統”便可讀取短dna序列。2013年，illumina公司從阿拉巴馬大學和華盛頓大學獲得納米孔測序技術授權。
這場專利之爭引起了使用牛津納米孔產品研究人員的密切關注。他們擔心失去納米產品或專利戰會扼殺新平臺發展。而且，由于相關技術的細節仍然保密，有可能導致專利訴訟陷入膠著。
不過，杜克大學專利法專家artirai表示，“本應該將一些公正帶入該體系，因為有時單靠語句，人們很難明確地知道你發明了什么。這是一個模糊的領域?！彼€指出，最有可能的是，兩個公司最終達成一致。
如果牛津納米孔選擇繼續打官司，那它必須向法官和陪審團展示其設備背后的秘密。最后，該公司選擇宣布了升級設備——r9。r9實際上是csgg，來源于大腸桿菌的蛋白膜，在核苷酸通過孔隙時，這種蛋白比版本r7有更好的識別力。
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